Longtemps utilisés en palynologie pour l’étude des paléo-environnements, les coprolithes, excréments fossilisés, sont également d’importantes sources d’information pour des espèces disparues, producteurs ou proies. Grâce à de nombreux échantillons archéologiques provenant d’une dizaine de grottes, comme la Grotte Chauvet-Pont d’Arc, deux espèces ont pu être étudiées : le loup, Canis lupus, et l’hyène des cavernes, Crocuta crocuta spelaea. À partir d’un coprolithe de canidé, daté à 34 500 ans, un génome mitochondrial complet de Canis lupus a pu être reconstitué. Les analyses phylogénétiques ont montré que ce spécimen se situe en dehors de la diversité des chiens et loups actuels. Puis, les analyses menées sur des gènes nucléaires ont montré que le spécimen de Chauvet ne présente pas de traces évidentes de domestication. L’étude du coprolithe met en évidence un régime carné, avec un bol alimentaire comportant des traces d’ADN d’ours des cavernes, Ursus spelaeus. Dans un second temps, grâce à l’étude de nombreux coprolithes d’hyène des cavernes, une alimentation variée composée d’animaux de grande comme de petite taille a été mise en évidence pour ce carnivore. L’analyse plus fine des séquences d’ADN contenues dans l’un des échantillons a permis de reconstituer un génome mitochondrial complet pour une espèce aujourd’hui éteinte : le bison des forêts, Bison schoetensacki. En parallèle, grâce à l’étude d’un ossement de bison des steppes, Bison priscus, un génome mitochondrial complet a été obtenu pour cette espèce éteinte. L’ajout de ces deux nouvelles séquences mitochondriales à la phylogénie des bovidés a permis d’apporter des éclaircissements à cette dernière.